以下の航空法のとおり、ドローンで危険物の輸送は禁止されています。

航空法

(飛行の方法)
第百三十二条の八十六 省略
2 無人航空機を飛行させる者は、技能証明を受けた者が機体認証を受けた無人航空機を飛行させる場合(立入管理措置を講ずることなく無人航空機を飛行させるときは、一等無人航空機操縦士の技能証明を受けた者が第一種機体認証を受けた無人航空機を飛行させる場合に限る。)を除き、次に掲げる方法により、これを飛行させなければならない。
一 〜 四 省略
五 当該無人航空機により爆発性又は易燃性を有する物件その他人に危害を与え、又は他の物件を損傷するおそれがある物件で国土交通省令で定めるものを輸送しないこと。

ドローンによる輸送を禁止する危険物については、航空法施行規則第236条の80及び「無人航空機による輸送を禁止する物件等を定める告示」 (平成27年11月17日付国土交通省告示第1142号)に記載があります。

航空法施行規則

第二百三十六条の八十 第百九十四条第一項の規定は、法第百三十二条の八十六第二項第五号の国土交通省令で定める物件について準用する。この場合において、第百九十四条第一項第八号中「航空機」とあるのは、「無人航空機」と読み替えるものとする。

2 前項の規定にかかわらず、無人航空機の飛行のため当該無人航空機で輸送する物件は、法第百三十二条の八十六第二項第五号の国土交通省令で定める物件に含まれないものとする。

無人航空機による輸送を禁止する物件等を定める告示」 (平成27年11月17日付国土交通省告示第1142号)

国交相ホームページから引用

無人航空機に係る規制の運用における解釈について(国空航第690号、国空機第930号)には以下のとおり記載があります。

当該飛行に必要不可欠であり、飛行中、常に機体と一体となって輸送される等の物件は、 航空法施行規則第236条の80第2項における無人航空機の飛行のために輸送する物件として、輸送が禁止される物件に含まれないものとする。

具体的には次に掲げる物件が該当する。

・無人航空機の飛行のために必要な燃料や電池

・業務用機器(カメラ等)に用いられる電池

・安全装備としてのパラシュートを開傘するために必要な火薬類や高圧ガス 等

そのため飛行するためのドローンの燃料、バッテリーは危険物は法令に定めた危険物に該当しません